中国科学院计算机网络信息中心肿瘤生物信息学研究的进展

借助“东方”超级计算系统，中国科学院计算机网络信息中心的研究人员提出了基于Transformer的乳腺癌病理图像HRD预测方法——SuRe-Transformer。

该方法解决了在病理图像分析中应用Transformer的三个问题。一是通过轴向衰减稀疏自注意力来增强Patch在关键区域的多样化选择;二是利用集群大小加权采样策略，提高特征区域的代表性捕捉能力;三是引入无监督对比学习方法，提高病理图像特征的嵌入质量。实验表明，SuRe-在多个单独测试集中，Transformer的HRD预测性能优于当前主流方法。SuRe-在TP53中，Transformer非常实用。、当AUC超过0.844时，PIK3CA和MAP3K1等多个基因变异预测任务。

有关研究成果已经取得《npj-肿瘤精确医疗”(npj Precision Oncology)就业。研究工作得到了国家自然科学基金和中国科学院战略先导技术重点(B类)的支持。